Это очень интересный вопрос. И, скорее всего, в самом Яндекс Директ никакими настройками мы это сделать не сможем. Яндекс спишет деньги, если пользователь совершит вторую конверсию, и третью (если речь идет именно об оплате за конверсии в установках стратегии рекламной кампании). Кстати, в Google Ads можно было настроить учет только одной конверсии от одного пользователя.

Но что можно сделать – не фиксировать повторную конверсию от одного и того же пользователя. А вот сделать это уже можно с помощью Яндекс Метрики. Точнее и в Яндекс Метрике нет такой настройки по умолчанию. Но вот если передавать конверсию в Метрику через код JavaScript, то именно с помощью этого кода можно сделать так, чтобы не передавать вторую и третью конверсию. Конкретный код и конкретная реализация уже зависят от того как именно формируется конверсия на стороне сайта. Но сделать это уже не так сложно. Нужен конкретный пример?

А результат – если Метрика не получит множественные конверсии от одного и того же пользователя – то и не передаст данные в Директ о совершенных конверсиях, и тогда уже тот не сможет снять с вас деньги несколько раз.